JEAN LOUIS BEFFA débute sa carrière d'ingénieur des mines à Clermont-Ferrand en 1967. De 1967 à 1974, il est ingénieur au sein de la direction des carburants du ministère de l'Industrie. Il évolue rapidement et devient chef du service raffinage puis adjoint au directeur.

En 1974, JEAN LOUIS BEFFA fait ses premiers pas à Saint-Gobain comme directeur du plan. Il devient directeur général, puis président-directeur général de Pont-à-Mousson, tout en étant parallèlement directeur de la branche canalisation et mécanique de Saint-Gobain, de 1979 à 1982

En mars 1982, il devient directeur général de Saint-Gobain puis président-directeur général en janvier 1986, succédant à Roger Fauroux10, lors de la privatisation de l'entreprise. Il est membre de la Fondation Saint-Simon jusqu'à sa dissolution en 1999. Il est élu administrateur de l'École polytechnique de 1996 à 2001. En 2002, il crée le Centre Saint-Gobain pour la recherche en économie qui deviendra le Centre Cournot pour la recherche en économie, qu'il co-préside actuellement avec le prix Nobel américain Robert Solow

JEAN LOUIS BEFFA a été le PDG de Saint-Gobain jusqu'en juin 2007. Après avoir été l'un des plus jeunes dirigeants de sociétés du CAC 40, il en a été l'un des plus âgés

Au cours de sa carrière, JEAN LOUIS BEFFA est élu dans de nombreux conseils d'administration tels que ceux de BNP Paribas, Gaz de France, Siemens AG, Le Monde S.A., la Banque Lazard ou encore le Groupe Bruxelles Lambert.

D'autre part, JEAN LOUIS BEFFA a obtenu les distinctions de Commandeur de la Légion d'honneur en 2002, puis Grand Officier en 2007, Commandeur de l'Ordre national du Mérite, Commandeur de l'Ordre des Arts et des Lettres, Commandeur de l'ordre de l'Empire britannique, Commandeur de l'Ordre du Mérite de la République fédérale d'Allemagne, de l'Ordre de l'Aigle aztèque (Mexique), de l'Ordre royal de l'Étoile polaire (Suède) et de l'Ordre du Rio Branco (Brésil). Il a aussi été nommé Manager de l'année en 1989, et il a été membre du Siècle, de la Table ronde des Industriels européens, du Conseil supérieur de la langue française (CSLF) (1989-99) et président de l'Institut de l'histoire de l'industrie (Idhi) (1992-98).